ในการตรวจสอบสมมุติฐานทางวิทยาศาสตร์ จะมีตัวแปรทางวิทยาศาสตร์ 3 ประเภทด้วยกัน ได้แก่

ตัวแปรต้นหรือตัวแปรอิสระ คือ สิ่งที่ต้องการศึกษา เป็นตัวแปรที่ถูกกำหนดขึ้นมา

ตัวแปรตาม คือ ผลที่เกิดจากการกระทำของตัวแปรต้น ตัวแปรตามนี้จะเปลี่ยนแปลงไปตามตัวแปรต้น

ตัวแปรควบคุม คือ สิ่งที่อาจส่งผลทำให้การทดลองคลาดเคลื่อน ดังนั้น จึงต้องต้องควบคุมให้เหมือนกัน เท่ากัน ในการทดลอง

ตัวอย่างเช่น การทดลองเรื่องชนิดของดินมีผลต่อการเจริญเติบโตของต้นมะม่วงหรือไม่
ตัวแปรต้น คือ ดินแต่ละชนิด
ตัวแปรตาม คือ อัตราการเจริญเติบโตของต้นมะม่วง
ตัวแปรควบคุม คือ น้ำ ปุ๋ย แสง